由於阿笠博士家的浴室出了故障，江戶川柯南（高山南配音）隨同小蘭（山崎和佳奈配音）、灰原哀（林原惠美飾）一同去大衆浴池洗澡。期間柯南不小心滑倒撞到頭部，隨後被兩名神祕的陌生人帶走。一番混亂後，天才詐欺師娜娜（深見梨加配音）和神祕殺手近藤（香川照之配音）將失去記憶的柯南帶到某處隱蔽的別墅，並僞裝成他的父母，而追蹤近藤他們的阿笠博士和灰原則遭遇嚴重車禍。娜娜所屬的某個犯罪團伙似乎打算利用製造一起炸彈恐怖襲擊。與此同時，供職於某雜誌的編輯水島早苗（廣末涼子配音）懷疑丈夫近藤有外遇，而找到毛利小五郎調查丈夫的行蹤。時間流逝，險惡的陰謀浮出水面……
